‍发酵液或培养液多是分批操作，生物变异性大、各批发酵液不尽相同，这就要求处理手段有一定的弹性，特别是对于染菌的批号，也要能处理。

为使得发酵液易于分离，传统的做法是添加各种各样的助滤剂和絮凝剂，改善发酵液的性质，但是这种方式会给待处理体系带来新的杂质，增加后处理工艺负荷，并且有可能破坏部分产品。增加提取成本，降低提取收率。此外，发酵液处理过程中产生大量的废水和废渣，BOD及COD很高，需要经处理后才能排放。废弃物处理的费用对于生产成本的影响非常大。因而寻找一种发酵液直接处理方式至关重要。‍

常见的几种发酵液的菌体情况

陶瓷膜和不锈钢管式膜可广泛应用于各类发酵液的澄清。可有效去除体系中的悬浮固体(硅石、高岭土及钙镁等金属沉淀物)、细菌、酵母、大多数油脂、葡萄糖糖泥、胶体及固体蛋白。可替代板框、离心机等传统的分离手段，对发酵液进行澄清。如：抗生素、有机酸、葡萄糖等发酵液的澄清。

陶瓷膜和不锈钢管式膜采用错流方式，错流方式避免了在死端过滤过程中产生堵塞现象。料液流经膜的表面，在压力的作用下液体透过滤膜，而固体颗粒、悬浮物则被截留，料液具有足够的流速可将被膜截留的固体颗粒从膜表面剥离，连续不断的剥离阻止固体颗粒在膜上的聚集，使膜的污染降至最小程度。使得过滤过程成为一件极为简单的工作，可使生产过程实现高度的自动化。

错流过程同时避免了在死端过滤(如板框压滤机、鼓式真空过滤机)过程中依靠滤饼层进行过滤的情况，分离发生在膜表面而不是滤饼层中，因而滤液质量在整个过程中是均一而稳定的。滤液的质量取决于膜本身，使生产过程完全处于有效的控制之中。

发酵液经澄清预处理后，还需要进一步去除杂质，提高目标产品的浓度和纯度，这个过程成为提取和精制。卷式超滤和纳滤膜可以很好的解决发酵产品浓缩提纯的问题，浓缩产品，脱除蛋白、色素等杂质。